El Protocolo se define por principios que se han de manifestar expresamente por la empresa y los/las representantes de las personas trabajadoras de respeto a los derechos humanos y laborales de las personas trans, sin discriminación por expresión de género y por razón de la identidad sexual y contribuyendo a su integración sociolaboral, incluyendo una serie de recomendaciones de trato tales como reconocer y respetar el género manifestado por la persona trabajadora, favorecer un lenguaje respetuoso con la diversidad, y reconocer el uso de pronombres aun cuando no hayan sido legalmente reconocidos
El protocolo pone en el centro a las personas trans, que tendrán garantías y potestad de decisión en todo el proceso de transición de género, protegiendo su dignidad e intimidad, garantizando su indemnidad excluyendo cualquier trato vejatorio o represalia, y todo ello en un contexto de estricta confidencialidad y reserva.
El procedimiento de acompañamiento podrá iniciarse tras la comunicación voluntaria de la persona trabajadora a la persona de referencia designada por la empresa. Se podrá formar una comisión paritaria de acompañamiento con la representación legal de las personas trabajadoras y, en la medida de lo posible, se tratará de incorporar a una persona con conocimientos especializados en este colectivo. El acompañamiento integra acciones antes, durante y después del proceso de transición, cuya agilidad debe estar garantizada por la empresa. También se deberán facilitar los cambios relativos al contrato de trabajo, la disposición de permisos retribuidos para la atención médica o los trámites administrativos necesarios y las medidas de apoyo laboral que se consideren oportunas, así como incluir medidas de seguimiento y control de la situación laboral de la persona solicitante.