El artículo 29 y los artículos del 66 al 70 de la Ley 58/2003, General Tributaria, indican que la documentación con trascendencia tributaria debe conservarse, al menos, durante el periodo en el que subsiste el derecho de la Administración a liquidar la deuda tributaria. Y este plazo de prescripción tributaria es de 4 años, a contar desde el día en que finaliza el plazo reglamentario para la presentación de la correspondiente declaración. No obstante, hay que tener en cuenta determinados casos concretos como puede ser la documentación acreditativa de la adquisición de elementos del inmovilizado, que habrá de conservarse durante todo el período de su amortización más los cuatro años de prescripción general.
Por otra parte, el artículo 66 bis precisa que la prescripción no afectará al derecho de la Administración a comprobar e investigar, regulado en el artículo 115 de la LGT. De ese modo, la Administración puede comprobar e investigar los elementos de la obligación tributaria referente a periodos ya prescritos cuando los mismos tengan eficacia en relación con ejercicios no prescritos. Sí se establece, por el contrario, una limitación temporal en el caso de créditos fiscales, cuyo plazo de prescripción es de 10 años para poder comprobar bases, cuotas (compensadas o pendientes de compensación) y deducciones (aplicadas o pendientes de aplicación).
